Giáo dục trong kỹ thuật hệ thống thông thường được xem như là một phần mở rộng trong các khóa học kỹ thuật thông thường, phản ánh quan điểm công nghiệp cho rằng sinh viên kỹ thuật cần phải có cơ sở nền tảng về một trong những lĩnh vực kỹ thuật truyền thống (ví dụ như, kỹ thuật hàng không, xây dựng, kỹ thuật điện, cơ khí, kỹ thuật sản xuất, kỹ thuật công nghiệp) thêm vào đó là một phần kinh nghiệm thực tiễn để có thể làm một kỹ sư hệ thống có năng lực. Chương trình đại học về kỹ thuật hệ thống rất hiếm. Bình thường, kỹ thuật hệ thống được cung cấp ở mức độ cao hơn trong sự kết hợp với việc học liên ngành.

INCOSE duy trì liên tục việc cập nhật danh bạ những chương trình Học thuật về kỹ thuật hệ thống trên phạm vi toàn thế giới. Như trong năm 2009, có khoảng 80 học viện tại mỹ cung cấp 165 chương trình đại học và sau đại học về kỹ thuật hệ thống. Giáo dục kỹ thuật hệ thống có thể được đi theo hai hướng Hướng hệ thống và Hướng lĩnh vực.

• Chương trình hướng hệ thống coi kỹ thuật hệ thống như là một ngành riêng biệt và hầu hết các môn học sẽ dậy về nguyên lý kỹ thuật hệ thống và thực hành
• Hướng lĩnh vực cung cấp kỹ thuật hệ thống như là một lựa chọn có thể được áp dụng với lĩnh vực kỹ thuật chính khác.

Cả hai kiểu đều cố gắng đào tạo kỹ sư hệ thống để có thể giám sát những dự án liên ngành với cốt lõi là kỹ sư kỹ thuật.